Tanque Oceânico
 
No antigo recinto circular de 17m de diâmetro, que antes abrigava o lobo marinho, foi construído o Tanque Oceânico, um grande reservatório de 5 m de altura e capacidade para 350 mil litros de água salgada. Seus 100 m² foram decorados com uma paisagem rochosa em relevo que imita o fundo da costa brasileira. Delimitado por grandes painéis em vidro com 3,5 cm de espessura, o reservatório pode
ser rodeado em toda a volta pelos visitantes e permite a perfeita visualização do ambiente, de modo a passar a sensação de estar no fundo do oceano. Nele nadam animais de fundo: diversos tubarões-lixa, arraias, salemas, meros, robalos e caranhas.
Tanque Amazônico
 
O Tanque Amazônico é outro destaque do Aquário. Com 16 m², é resultado da união de três tanques menores. A cenografia é rica em detalhes: troncos de árvores em decomposição, cipós e plantas imitam uma floresta inundada, tal como os fundos dos rios da Amazônia. Nele se pode apreciar diversas espécies, de porte médio a grande, como pacus, tucunarés, tambaquis, traíras, aruanãs e o pirarucu.
Tanque das Tartarugas
 
Esse tanque, agora com 10 m² para os animais nadarem, abriga as grandes tartarugas de pente, também conhecidas como "verdadeiras". A cenografia do ambiente imita o habitat natural das tartarugas, que habitam os costões rochosos e bancos de areia da plataforma continental, até uma profundidade de 18 m.

O Aquário Municipal de Santos é o único no país a expor as
tartarugas de pente, animais que foram muito caçados por causa de seu casco, que é matéria-prima de artefatos como pentes e armações de óculos.
Tanque dos Pinguins
 
O Pinguinário se localiza em um setor especialmente climatizado, construído no novo prédio para receber os animais que vivem em temperaturas abaixo de zero. Com uma área de 145 m2, o local inclui espaço de manejo para o trato dos animais.
A área de visualização é dividida em dois tanques, separados pela passarela de circulação dos visitantes. Os dois são ligados por uma passagem subterrânea,
por baixo d'água, que permite a passagem dos pinguins de um para outro lado. O ambiente foi construído de forma a criar espaços para as piscinas e solário, possível pelo teto de vidro. A cenografia, com rochas submersas, praias de seixos e céu acinzentado, imita a região da Patagônia, no extremo sul do continente sul-americano. Nos dois tanques podem ser admirados quase 40 pinguins, com destaque para o Fraldinha, o primeiro pinguim nascido em cativeiro no Brasil.
Recinto do leão-marinho
 
O recinto do leão-marinho, bem como o dos pinguins, faz parte de um complexo de 326 m2, especialmente climatizado. Dessa área, 145 m2 foi destinado aos pinguins e o restante para o leão-marinho. Da área do leão-marinho, uma parte, oculta do público, ganhou uma sala de entrada para o tratador e duas áreas de manejo com piscina, reservadas
para a adaptação de novos animais, maternidade e atividades de trato dos animais, como intervenções clínicas, pesagem e outras.

Para os olhos do público foram destinados 170 m2, ocupados por um grande reservatório de 5 m de altura, teto de vidro e 450 mil litros de água salgada, onde se pode visualizar o animal dentro e fora d'água, tomando sol ou entregando-se a suas brincadeiras. A cenografia em fibra de vidro imita a paisagem de falésias e rochas submersas. Até mesmo a entrada do tratador é em forma de "caverna".
 
Macaezinho, um lobo-marinho da espécie Arctophcefalus Australis, foi o primeiro ocupante do recinto e foi também o habitante mais querido do Aquário. Originário da região meridional da Patagônia, o animal encalhou em nosso litoral quando ainda era bem novo, em 1995. Recebeu o nome de Macaezinho em homenagem a Macaé, o velho lobo que habitou o antigo Aquário por muitos anos.


Em 2008, Macaezinho ganhou a companhia de
Alegra, uma fêmea da espécie Arctocephalus Tropicalis, que foi recolhida ferida pela Polícia Ambiental em Itanhaém.
Infelizmente, Alegra resistiu pouco tempo e Macaezinho não alcançou a mesma longevidade do velho e primeiro lobo do Aquário santista. Com sua morte em 2012, a equipe do Aquário bem que procurou outro lobo pelo país, mas só havia disponibilidade do leão-marinho Abaré Inti, que hoje encanta a garotada.
Tanque de Toque
 
Esta atração pode proporcionar uma experiência inesquecível, principalmente para as crianças. Em um tanque raso de água salgada estão diversos pequenos animais marinhos, como ouriços, anêmonas e estrelas-do-mar, que os visitantes podem tocar com as mãos.
Outros tanques
 
Outros reservatórios do Aquário, apesar de mais simples, não deixam de ser interessantes.
Nos tanques de água salgada se pode admirar o tubarão-porco, o peixe-pedra, a garoupa, o polvo, a moréia, a caratinga, recifes de corais e as pequenas espécies ornamentais que os habitam, além de crustáceos como os siris, as lagostas, o ouriço-preto, a lagosta-sapata, o ermitão vermelho e cavalos-marinhos de
diversas cores. Nos tanques de água doce podem ser vistos os peixes-crocodilo, os pangássius, os grandes bagres, piranhas, traíras, carpas, pequenos peixes ornamentais da Amazônia, além de tartarugas de água doce, anfíbios como as rãs-touro gigantes e até um tanque com um pequeno ecossistema dos mangues.
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